El municipio está ubicado en el centro del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Mazatán y se localiza en el paralelo 29° 01' de latitud norte y el meridiano 110° 08' de longitud al oeste de Greenwich, a una altura de 450 metros sobre el nivel del mar. Colinda con los municipios siguientes: al norte con Ures; al noroeste con Villa Pesqueira; al sur con la Colorada y al oeste con Hermosillo.