El municipio de Yajalón se encuentra en la región de las Montañas del Norte en el estado de Chiapas. Colinda con otros lugares como norte con los municipios de Tumbalá y Tila, en la zona este con Chilón, al sur continúa colindando con el municipio de Chilón y finalmente al oeste nuevamente con el municipio de Tila. La extensión territorial total de Yajalón es de unos 162.3 kilómetros cuadrados. Se encuentra a una altura promedio de 800 metros sobre el nivel del mar.