El municipio de Apan se encuentra rodeado por varios lugares, entre los que destacan en la zona norte son Tepeapilco y Cuautepec de Hinojosa, al este se encuentra el estado de Puebla y el municipio de Almoloya, al sur una vez más Almoloya y el estado de Tlaxcala y al oeste están los municipios de Emiliano Zapata y Tepeapulco. Cuenta con una superficie territorial de 346.9 kilómetros cuadrados.