Debido a las diferentes elevaciones que hay en San Agustín Metzquititlán, se encuentra a una altura promedio de 1,380 metros sobre el nivel del mar. Colinda al norte con el municipio Zacualtipán, al sur con Atotonilco el Grande, al este con el estado de Veracruz y al oeste con Metztitlán. Posee una extensión territorial de 313.50 kilómetros cuadrados.