Este municipio limita al norte con los municipios de Tepetlaoxtoc y Chiautla, en la parte sur con el municipio de Texcoco, al oriente con Tepetlaoxtoc y nuevamente con Texcoco, finalmente al poniente colinda con Chiautla. Papalotla está formado por una superficie territorial de 3.59 kilómetros cuadrados. Se encuentra a una altura promedio de 2,260 metros sobre el nivel del mar.