Colinda al norte con los municipios de San Lucas Ojitlán y Santa María Jacaltepec, al sur con IXtlán de Juárez y Ayotzintepec, al este con Santa María Jacaltepec y finalmente al oeste colinda con el municipio de San Felipe Usila. La superficie que constituye a San Juan Bautista Valle Nacional es de 394.23 kilómetros cuadrados y su altitud promedio es de 60 metros sobre el nivel del mar.