Se localiza en la región del Istmo de Tehuantepec, en las coordenadas 94º12' longitud oeste y 16º22' latitud norte, a una altura de 40 metros sobre el nivel del mar. Limita al norte con el estado de Chiapas, los municipios de San Miguel Chimalapa y Santo Domingo Zanatepec; al sur con el Mar Muerto; al oeste con San Francisco Ixhuatán y Santo Domingo Zanatepec y al este con el estado de Chiapas. El área total de este municipio es de 1,044.89 km2.