El municipio de Empalme se localiza en la porción sureste del Estado de Sonora y se sitúa en los paralelos 27º 55 28" de latitud norte y 110º 47 30" longitud oeste de acuerdo al meridiano de Greenwich, tiene una altura sobre el nivel del mar de 3.5 metros. Limita al norte con terrenos agrícolas del municipio de Guaymas, al sur con el mar de Cortés, al este con terrenos de la comunidad Yaqui y al oeste con el Estero del Rancho.