El municipio está ubicado en el sur del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Etchojoa y se localiza en el paralelo 26° 52' de latitud norte y a los 109° 39' de longitud al oeste del meridiano de Greenwich, a una altura de 13 metros sobre el nivel del mar. Colinda al norte y este con Navojoa; al sur con Huatabampo; al noroeste con Cajeme y al oeste es el Golfo de California.