El municipio está ubicado al sur del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Huatabampo y se localiza en el paralelo 26° 50' de longitud norte y el meridiano 109° 39' de longitud al oeste de Greenwich; a una altura de 20 metros sobre el nivel del mar. Colinda al norte con Etchojoa; al noroeste con Navojoa y Alamos; al sureste con Sinaloa y al suroeste con el Golfo de California.