El municipio está ubicado al norte del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Naco y se localiza en el paralelo 31°19' de latitu norte y el meridiano 109°57' de longitud al oeste de Greenwich, a una altura de 1524 metros sobre el nivel del mar. Limita al norte con Estados Unidos de Norteamérica; al este con el municipio de Agua Prieta, al sur con Bacoachi y al oeste con Cananea.