El municipio está ubicado en el sur del Estado de Sonora, su cabecera es la población de Navojoa y se localiza en el paralelo 27° 03' de latitud norte y a los 109° 25' de longitud al oeste del meridiano de Greenwich, a una altura de 85 metros sobre el nivel del mar. Colinda con los municipios siguientes: al norte con Cajeme y Quiriego, al este con Alamos, al suroeste con Huatabampo y al oeste con Etchojoa.